Eugène Boudin est né à Honfleur en Normandie. Il est le fils de Léonard-Sébastien Boudin et de Marie-Félicité Buffet. Son père était un marin sur les bateaux qui assuraient la liaison entre Le Havre et Hambourg, sa mère était femme de chambre sur ces mêmes navires. 

En 1835, sa famille s’installe au Havre, à dix ans, Eugène Boudin travaille comme mousse sur un bateau à vapeur qui fait navette entre Le Havre et Honfleur. Ensuite, son père lui trouve un poste de commis chez un imprimeur : Joseph Morlent, puis chez le papetier Alphonse Lemasle. L’année suivante, Eugène Boudin devient assistant chez un papetier-encadreur. 

À 20 ans, il fonde sa propre boutique de papetier-encadreur où il expose des artistes. À 22 ans, encouragé par Thomas Couture et Jean-François Millet, il abandonne son commerce pour se lancer dans une carrière artistique. Eugène Boudin décide de suivre des cours à l’école municipale de dessin du Havre.

En 1851, Eugène Boudin reçoit une bourse d’étude de 1200 francs par an pour aller étudier la peinture à Paris. Ainsi, Boudin rejoint Paris le 30 juin 1851 et suit une formation dans l’atelier d’Eugène Isabey et au Louvre comme élève copiste. Boudin réalise de nombreuses copies de peintures des maîtres, principalement hollandais et flamands. 

À partir de 1855, Boudin passe ses hivers à Paris et ses étés en Normandie, il séjourne aussi en Bretagne. En 1857, Eugène Boudin réalise sa première exposition à Paris.

Eugène Boudin s’est lié d’amitié avec Charles Baudelaire et Gustave Courbet. Il a aussi fait la rencontre du peintre hollandais Johan Barthold Jongkind et de Claude Monet. D’ailleurs, c’est Eugène Boudin qui a initié Claude Monet à la peinture en plein-air. Monet disait de Boudin : « Si je suis devenu peintre, c’est à Boudin que je le dois ».

En 1862, il assiste à la naissance de la mode des bains de mer et à la création de la station balnéaire de Deauville, avec l’arrivée du chemin de fer. C’est donc tout naturellement qu’il se tourne vers des représentations de la société mondaine qui se rend sur les plages normandes. Eugène Boudin se concentre sur la lumière et sur les ciels. Alexandre Dumas fils écrit à Boudin : « Vous, qui êtes l’homme des ciels par excellence. » Gustave Courbet aurait dit : « En vérité, mon cher, vous êtes un séraphin ; il n’y a que vous qui connaissiez le ciel ! ». Camille Corot et Claude Monet le surnommaient : « le Roi des ciels ». Peindre des paysages ou des marines pour Boudin était un prétexte pour traiter son sujet de prédilection : les ciels. 

En 1874, Eugène Boudin participe à la première exposition des peintres impressionnistes dans les studios du photographe Nadar à Paris. Boudin est considéré comme l’un des précurseurs de ce mouvement. Sa grande réputation lui permit d’effectuer des voyages en Europe : dans les Flandres, aux Pays-Bas, en Italie ou dans le sud de la France.

En 1886, quelques-unes de ses œuvres sont présentées au cours de la grande exposition impressionniste organisée à New York par Paul Durand-Ruel. En 1889, Eugène Boudin obtient la médaille d’or lors de l’Exposition universelle de Paris. Sa femme décède la même année.

Chaque hiver à partir de 1890, Boudin séjourne dans le midi. Il peint en plein-air et il est fasciné par « les splendeurs de la lumière ». En 1892, Eugène Boudin est nommé chevalier de la Légion d’honneur, cette décoration lui est remise par le peintre symboliste Pierre Puvis de Chavannes.

Jusqu’en 1895, Boudin se rend régulièrement à Venise qui est une grande source d’inspiration pour de nombreux peintres. Eugène Boudin meurt en 1898 laissant derrière lui une œuvre remarquable.